conda的使用¶

anaconda官网: https://www.anaconda.com/
condar官网: https://conda.io

官方定义:

Package, dependency and environment management for any language—
    Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN, and more.

Anaconda是Python的一个开源发行版本，主要面向科学计算。包管理器和环境管理器。

Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。因此，它也适用于Python包。因为conda来自于Python(更具体地说是PyData)社区，许多人错误地认为它基本上是一个Python包管理器。情况并非如此：conda旨在管理任何软件堆栈中的包和依赖关系。在这个意义上，它不像pip，更像是apt或yum等跨平台版本。

conda分为anaconda和miniconda:

anaconda是包含一些常用包
miniconda则是精简版，需要啥装啥

安装¶

下载网站:¶

miniconda: https://docs.anaconda.com/miniconda/
anaconda: https://www.anaconda.com/download/

安装过程: 印象笔记(20200229Docker安装Conda)


下载后直接执行sh命令,如:
./Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh


Do you wish to update your shell profile to automatically initialize conda?
This will activate conda on startup and change the command prompt when activated.
If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
   run the following command when conda is activated:

conda config --set auto_activate_base false

You can undo this by running `conda init --reverse $SHELL`? [yes|no]

升级conda:

//
$ conda update conda

Docker¶

$ docker pull continuumio/miniconda3
$ docker pull continuumio/miniconda2
$ docker pull continuumio/anaconda2
$ docker pull continuumio/anaconda3

环境相关命令¶

查看当前存在的环境:

$ conda env list  (or $ conda info --envs)
# conda environments:
#
base                  *  /Users/zhaoweiguo/9tool/miniconda3
gluon                    /Users/zhaoweiguo/9tool/miniconda3/envs/gluon

创建conda环境:

常用参数:
#-n: 设置新的环境的名字
#python=3 指定新环境的python的版本

a. 创建一个纯净的Python环境,里面只包含conda install 安装的包
conda create -n python3 python=3

b. 创建一个Python环境,里面包含conda install 安装的包,也包含系统Python site-packages中的第三方包
conda create -n venv --sys-site-packages

c. 基于environment.yml创建Python环境
conda env create -f environment.yml

d. 创建环境并安装pip
conda create -n venv pip
=>
等同于
conda create -n venv
conda activate venv
conda install pip

e. 基于指定环境创建新环境
$ conda create -n <new> --clone <old>


# 注：对已经创建了虚拟环境,也可以手动安装 Python 开发文件和编译工具
# 1. 安装 Python 开发文件
sudo apt install python3-dev  # Linux
python -m ensurepip --default-pip    # MacOS

# 2. 安装 GCC 编译器
sudo apt install gcc  # Linux
brew install gcc     # MacOS

启动python2环境:
```
$ conda activate python2
```
退出环境:
```
$ conda deactivate
```
删除环境:
```
$ conda remove -n myenv --all
```

包操作命令¶

搜索需要的安装包:

$  conda search gatk

安装包:

$ conda install pytorch torchvision -c pytorch


$ conda install gatk

# 安装到指定channel
$ conda install gatk -c channel

如需要安装特定的版本:
$ conda install 软件名=版本号
$ conda install gatk=3.7


指定channel安装包
$ conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ numpy

指定文件安装包:

$ conda install --file FILE

查看已安装软件:

$ conda list

更新指定软件:

$ conda update gatk

升级Python:

# 升级Python
$ conda update python

# 升级Python到指定版
conda update python=<version>
conda update python=<version>-dev

注意:
    新版本的conda已经不用update命令了，统一用install
    CondaError: Invalid spec for 'conda update': python=3.8.16-dev
        Use 'conda install' instead.

升级pip:

# 升级pip
$ python -m pip install --upgrade pip

# 升级conda
$ conda install conda=<version>

卸载指定软件:

$ conda remove gatk

show_channel_urls¶

设置是否显示每个包的来源 channel 的 URL:

// 当 show_channel_urls 设置为 "yes" 时
// conda list 命令将显示每个包的来源 channel 的 URL
// 开启:
$  conda config --set show_channel_urls yes
// 关闭:
$  conda config --set show_channel_urls no

频道 channels¶

查看已经添加的channels:

$ conda config --get channels

添加频道:

官方channel：
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge

$ conda config --add channels genomedk

$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/


$ conda config --prepend channels new_channel
说明:
    --add 是将指定的 new_channel 添加到 channels 列表的最前面
    --prepend 是将指定的 new_channel 添加到 channels 列表的最后面

清除索引缓存:

conda clean -i

警告

有时你明明看到channel已经配置好了，就是很慢，原因就是没有清除索引

更新镜像源channel¶

tsinghua¶

直接修改文件 ~/.condarc

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

aliyun¶

直接修改文件 ~/.condarc

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud

清除索引缓存运行:

conda clean -i

对比¶

当在conda环境中,使用pip安装的包与直接从conda通道安装的包,主要有以下几点不同:

1. 安装路径不同
从conda通道安装的包位于conda环境的lib/site-packages路径下。
使用pip安装的包位于conda环境的lib/pythonX.X/site-packages路径下。

2. 依赖管理不同
conda可以跟踪并管理各个包之间的依赖关系。
pip安装无法跟踪到conda环境中已有的依赖,可能导致依赖冲突。

3. 环境隔离不同
conda环境可以很好地隔离不同版本的Python解释器和依赖库。
pip安装的库不能做到与conda环境完全隔离。

4. 升级管理不同
conda可以直接管理每个环境内的所有包,进行升级等操作。
pip只管理pip安装的库,升级需要重新安装。

5. 二进制兼容性
conda的二进制包可在不同平台运行。
pip编译生成的文件通常与系统相关,不能跨平台直接使用。

6. 通道和来源
conda安装通过添加各种通道,安装源比较丰富。
pip主要通过PyPI来源安装Python库。

常见问题¶

ERROR: Could not build wheels for uwsgi, which is required to install pyproject.toml-based projects¶

在使用 Anaconda 虚拟环境时遇到这个问题，可能是因为 Anaconda 环境中没有完整的 Python 开发工具链:
```
conda install python=3.x-dev
# x换成你要安装的 Python 版本
# 如:
conda install python=3.8.16-dev
```

ImportError: Tornado requires an up-to-date SSL module.¶

原因: 缺少 SSL 模块:
```
$ conda install -c conda-forge openssl
```
结论：怀疑可能的原因是版本冲突，最终是修改python版本从3.14改为3.6解决的

参考¶