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2.7.5. conda的使用

• anaconda官网: https://www.anaconda.com/

• condar官网: https://conda.io

官方定义:

Package, dependency and environment management for any language—
    Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN, and more.

Anaconda是Python的一个开源发行版本，主要面向科学计算。包管理器和环境管理器。

Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。因此，它也适用于Python包。因为conda来自于Python(更具体地说是PyData)社区，许多人错误地认为它基本上是一个Python包管理器。情况并非如此：conda旨在管理任何软件堆栈中的包和依赖关系。在这个意义上，它不像pip，更像是apt或yum等跨平台版本。

conda分为anaconda和miniconda:

anaconda是包含一些常用包
miniconda则是精简版，需要啥装啥

安装

下载网站:

• miniconda: https://conda.io/miniconda.html

• anaconda: https://www.anaconda.com/distribution/

安装过程: 印象笔记(20200229Docker安装Conda)


下载后直接执行sh命令,如:
./Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

升级conda:

//
$ conda update conda

If you’d prefer that conda’s base environment not be activated on startup:

$ conda config --set auto_activate_base false

Docker

$ docker pull continuumio/miniconda3
$ docker pull continuumio/miniconda2
$ docker pull continuumio/anaconda2
$ docker pull continuumio/anaconda3

环境相关命令

1. 查看当前存在的环境:

   $ conda env list  (or $ conda info --envs)
   # conda environments:
   #
   base                  *  /Users/zhaoweiguo/9tool/miniconda3
   gluon                    /Users/zhaoweiguo/9tool/miniconda3/envs/gluon
   

2. 创建conda环境:

   常用参数:
   #-n: 设置新的环境的名字
   #python=3 指定新环境的python的版本
   
   a. 创建一个纯净的Python环境,里面只包含conda install 安装的包
   conda create -n python3 python=3
   
   b. 创建一个Python环境,里面包含conda install 安装的包,也包含系统Python site-packages中的第三方包
   conda create -n venv --sys-site-packages
   
   c. 基于environment.yml创建Python环境
   conda env create -f environment.yml
   
   d. 创建环境并安装pip
   conda create -n venv pip
   =>
   等同于
   conda create -n venv
   conda activate venv
   conda install pip
   
   e. 基于指定环境创建新环境
   $ conda create -n <new> --clone <old>
   
   
   # 注：对已经创建了虚拟环境,也可以手动安装 Python 开发文件和编译工具
   # 1. 安装 Python 开发文件
   sudo apt install python3-dev  # Linux
   python -m ensurepip --default-pip    # MacOS
   
   # 2. 安装 GCC 编译器
   sudo apt install gcc  # Linux
   brew install gcc     # MacOS
   

3. 启动python2环境:

   $ conda activate python2
   

4. 退出环境:

   $ conda deactivate
   

5. 删除环境:

   $ conda remove -n myenv --all
   

包操作命令

搜索需要的安装包:

$  conda search gatk

安装包:

$ conda install pytorch torchvision -c pytorch


$ conda install gatk

# 安装到指定channel
$ conda install gatk -c channel

如需要安装特定的版本:
$ conda install 软件名=版本号
$ conda install gatk=3.7


指定channel安装包
$ conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ numpy

指定文件安装包:

$ conda install --file FILE

查看已安装软件:

$ conda list

更新指定软件:

$ conda update gatk

升级Python:

# 升级Python
$ conda update python

# 升级Python到指定版
conda update python=<version>
conda update python=<version>-dev

注意:
    新版本的conda已经不用update命令了，统一用install
    CondaError: Invalid spec for 'conda update': python=3.8.16-dev
        Use 'conda install' instead.

升级pip:

# 升级pip
$ python -m pip install --upgrade pip

# 升级conda
$ conda install conda=<version>

卸载指定软件:

$ conda remove gatk

show_channel_urls

设置是否显示每个包的来源 channel 的 URL:

// 当 show_channel_urls 设置为 "yes" 时
// conda list 命令将显示每个包的来源 channel 的 URL
// 开启:
$  conda config --set show_channel_urls yes
// 关闭:
$  conda config --set show_channel_urls no

频道 channels

查看已经添加的channels:

$ conda config --get channels

添加频道:

官方channel：
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge

$ conda config --add channels genomedk

$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/


$ conda config --prepend channels new_channel
说明:
    --add 是将指定的 new_channel 添加到 channels 列表的最前面
    --prepend 是将指定的 new_channel 添加到 channels 列表的最后面

清除索引缓存:

conda clean -i

警告

有时你明明看到channel已经配置好了，就是很慢，原因就是没有清除索引

更新镜像源channel

tsinghua

直接修改文件 ~/.condarc

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

aliyun

直接修改文件 ~/.condarc

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud

清除索引缓存运行:

conda clean -i

对比

当在conda环境中,使用pip安装的包与直接从conda通道安装的包,主要有以下几点不同:

1. 安装路径不同
从conda通道安装的包位于conda环境的lib/site-packages路径下。
使用pip安装的包位于conda环境的lib/pythonX.X/site-packages路径下。

2. 依赖管理不同
conda可以跟踪并管理各个包之间的依赖关系。
pip安装无法跟踪到conda环境中已有的依赖,可能导致依赖冲突。

3. 环境隔离不同
conda环境可以很好地隔离不同版本的Python解释器和依赖库。
pip安装的库不能做到与conda环境完全隔离。

4. 升级管理不同
conda可以直接管理每个环境内的所有包,进行升级等操作。
pip只管理pip安装的库,升级需要重新安装。

5. 二进制兼容性
conda的二进制包可在不同平台运行。
pip编译生成的文件通常与系统相关,不能跨平台直接使用。

6. 通道和来源
conda安装通过添加各种通道,安装源比较丰富。
pip主要通过PyPI来源安装Python库。

常见问题

ERROR: Could not build wheels for uwsgi, which is required to install pyproject.toml-based projects

• 在使用 Anaconda 虚拟环境时遇到这个问题，可能是因为 Anaconda 环境中没有完整的 Python 开发工具链:

  conda install python=3.x-dev
  # x换成你要安装的 Python 版本
  # 如:
  conda install python=3.8.16-dev
  

ImportError: Tornado requires an up-to-date SSL module.

• 原因: 缺少 SSL 模块:

  $ conda install -c conda-forge openssl
  

• 结论：怀疑可能的原因是版本冲突，最终是修改python版本从3.14改为3.6解决的

参考

• https://zhuanlan.zhihu.com/p/25198543

• https://www.zhihu.com/question/58033789/answer/254673663

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