conda的使用 [1]

  • anaconda官网 [2]

官方定义:

Package, dependency and environment management for any language—
    Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN, and more.

Anaconda是Python的一个开源发行版本,主要面向科学计算。包管理器和环境管理器。

Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。因此,它也适用于Python包。  因为conda来自于Python(更具体地说是PyData)社区,许多人错误地认为它基本上是一个Python包管理器。情况并非如此:conda旨在管理任何软件堆栈中的包和依赖关系。在这个意义上,它不像pip,更像是apt或yum等跨平台版本。

安装( 安装过程 ):

conda分为anaconda和miniconda
anaconda是包含一些常用包
miniconda则是精简版,需要啥装啥

下载网站:
miniconda:
https://conda.io/miniconda.html

anaconda:
https://www.anaconda.com/distribution/

下载后直接执行sh命令,如:
./Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

Docker:

$ docker pull continuumio/miniconda3
$ docker pull continuumio/miniconda2
$ docker pull continuumio/anaconda2
$ docker pull continuumio/anaconda3

命令使用:

$ conda install pytorch torchvision -c pytorch
$ conda env create -f environment.yml
$ cat environment.yml
name: gluon
dependencies:
- python=3.6
- pip:
  - mxnet==1.5.0
  - d2lzh==0.8.11
  - jupyter==1.0.0
  - matplotlib==2.2.2
  - pandas==0.23.4
$ conda activate gluon

// 升级conda
$ conda update conda

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup:
$ conda config --set auto_activate_base false

安装命令:

$ conda install gatk
# 安装到指定channel
$ conda install gatk -c channel
搜索需要的安装包:
$  conda search gatk

如需要安装特定的版本:
$ conda install 软件名=版本号
$ conda install gatk=3.7

查看已安装软件:
$ conda list

更新指定软件:
$ conda update gatk
卸载指定软件:
$ conda remove gatk

添加频道:

官方channel:
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge

$ conda config --add channels genomedk

$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

显示安装的频道
$  conda config --set show_channel_urls yes

查看已经添加的channels:
$ conda config --get channels

文件:

已添加的channel在哪里查看
~/.condarc

conda环境:

1. 查看当前存在的环境:
$ conda env list  (or $ conda info --envs)
# conda environments:
#
base                  *  /Users/zhaoweiguo/9tool/miniconda3
gluon                    /Users/zhaoweiguo/9tool/miniconda3/envs/gluon

2. 创建conda环境:
conda create -n python2 python=2
#-n: 设置新的环境的名字
#python=2 指定新环境的python的版本

3. 启动python2环境:
$ conda activate python2

4. 退出环境
$ conda deactivate

5. 删除环境
$ conda remove -n myenv --all

6. 重命名环境(把一个原来叫做py2的环境重新命名成python2)
$ conda create -n python2 --clone py2
$ conda remove -n py2 --all

Jupyter

参见 Jupyter

镜像

直接修改文件 ~/.condarc

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud